2008年7月7日－10日，國家級自然保護(hù)區(qū)管理評估組受國家環(huán)境保護(hù)部的委派，先后來到九段沙濕地國家級自然保護(hù)區(qū)和崇明東灘鳥類國家級自然保護(hù)區(qū)，就保護(hù)區(qū)的管理工作進(jìn)行評估。

　　本次評估工作是按照環(huán)境保護(hù)部、國土資源部、水利部、農(nóng)業(yè)部、國家林業(yè)局、中國科學(xué)院、國家海洋局聯(lián)合下發(fā)的《關(guān)于開展國家級自然保護(hù)區(qū)管理評估工作的通知》（環(huán)辦[2008]19號）的要求，采取實地考察、資料和文件查閱、聽取自評估報告、與相關(guān)利益者座談、討論評議、評估打分、最終評定管理水平等級的評估方式進(jìn)行的。

　　7月7日，評估組聽取了九段沙保護(hù)區(qū)管理署的工作匯報，實地檢查了九段沙濕地的現(xiàn)狀，并檢查了保護(hù)區(qū)成立以來的相關(guān)資料、文檔和文件；7月8日評估組與保護(hù)區(qū)周邊社區(qū)及本保護(hù)區(qū)工作人員進(jìn)行了座談；經(jīng)過評估，九段沙濕地國家級自然保護(hù)區(qū)的評估得分為87分，管理水平等級為“優(yōu)”。7月9日，評估組實地檢查了崇明東灘鳥類國家級自然保護(hù)區(qū)管理處辦公樓、捕魚港管護(hù)站、白港管護(hù)站、團(tuán)結(jié)沙管護(hù)站、北八滧管護(hù)站及北八滧環(huán)境教育中心等基礎(chǔ)設(shè)施，聽取了保護(hù)區(qū)管理處的匯報，查閱了保護(hù)區(qū)管理處的檔案；7月10日，評估組與崇明水務(wù)局堤防站、上實公司、陳家鎮(zhèn)政府、崇明東灘濕地保護(hù)區(qū)派出所、邊防武警崇明東灘派出所及保護(hù)區(qū)管理處職工代表進(jìn)行了座談，經(jīng)過評估，崇明東灘鳥類國家級自然保護(hù)區(qū)的評估得分為89分，管理水平等級為“優(yōu)”。

　　評估組認(rèn)為，九段沙濕地國家級自然保護(hù)區(qū)和崇明東灘鳥類國家級自然保護(hù)區(qū)的管理工作已得到了各級政府和有關(guān)部門的高度重視，上海市人民政府先后頒布和實施了《上海市崇明東灘鳥類自然保護(hù)區(qū)管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護(hù)區(qū)管理辦法》，將保護(hù)區(qū)保護(hù)管理工作納入了依法管理的軌道；保護(hù)區(qū)管理機(jī)構(gòu)基本健全，人員配置比較合理，運行經(jīng)費保障程度高；保護(hù)區(qū)管理工作規(guī)范，保護(hù)成效顯著，已經(jīng)成為了具有自身特點的示范保護(hù)區(qū)。

　　同時，評估組也指出，上海市國家級自然保護(hù)區(qū)管理仍然存在以下問題：

　　1、外來物種――互花米草對崇明東灘和九段沙濕地生態(tài)系統(tǒng)的健康及生物多樣性已造成威脅。

　　2、《上海市崇明東灘鳥類自然保護(hù)區(qū)管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護(hù)區(qū)管理辦法》的部分規(guī)定已不適于保護(hù)區(qū)的現(xiàn)狀，給保護(hù)區(qū)的依法管理帶來了困難。

　　3、九段沙自然保護(hù)區(qū)管理署的機(jī)構(gòu)設(shè)置不夠完善，給保護(hù)區(qū)有效開展對外協(xié)調(diào)和交流帶來了很大的難度。

　　4、保護(hù)與開發(fā)的矛盾依然存在。如人類活動對崇明東灘自然保護(hù)區(qū)周邊環(huán)境的壓力日益增大，對保護(hù)區(qū)的主要保護(hù)對象存在一定的影響。

　　5、保護(hù)區(qū)的基礎(chǔ)設(shè)施和能力建設(shè)方面尚有一定差距。比如崇明東灘保護(hù)區(qū)管理處的辦公用房目前還是租用其他單位的，這不利于保護(hù)區(qū)總體規(guī)劃實施及功能性設(shè)施建設(shè)。