環(huán)保部認為，2008年版的《全國生態(tài)功能區(qū)劃》已不能適應新時期生態(tài)安全與保護的形勢。其主要原因是，近10多年來我國部分區(qū)域生態(tài)系統(tǒng)變化劇烈，生態(tài)系統(tǒng)服務功能格局已經改變；同時，現(xiàn)行劃定的重要生態(tài)功能區(qū)范圍不能滿足國家和區(qū)域生態(tài)安全的要求，保護比例普遍較低；此外，受當時多種因素影響，生態(tài)功能區(qū)劃分不完善，一些具有重要生態(tài)功能的地區(qū)未能納入重要生態(tài)功能區(qū)范圍。

　　由環(huán)保部與中國科學院共同制定并發(fā)布的新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》將生態(tài)功能區(qū)劃分為3大類、9個類型和242個生態(tài)功能區(qū)。

　　新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》指出，由于數(shù)千年的開發(fā)歷史和巨大的人口壓力，我國各類生態(tài)系統(tǒng)受到不同程度的開發(fā)、干擾和破壞。生態(tài)系統(tǒng)退化，涵養(yǎng)水源、防風固沙、調蓄洪水、保持土壤、保護生物多樣性等生態(tài)系統(tǒng)服務功能明顯降低，并由此帶來一系列生態(tài)問題，區(qū)域生態(tài)安全面臨嚴重威脅。

　　根據新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》披露的數(shù)據，我國城鎮(zhèn)生態(tài)系統(tǒng)面積為25.4萬平方公里，占國土面積的2.7％，主要分布在中東部的京津冀、長江三角洲、珠江三角洲、遼東南、膠東半島、成渝地區(qū)、長江中游等地區(qū)。

　　新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》明確，全國共有重點城鎮(zhèn)群生態(tài)功能區(qū)28個，面積共計11.0萬平方公里，占全國國土面積的1.2％。"該類型區(qū)的主要生態(tài)問題:城鎮(zhèn)無序擴張，城鎮(zhèn)環(huán)境污染嚴重，環(huán)保設施嚴重滯后，城鎮(zhèn)生態(tài)功能低下，人居環(huán)境惡化。"對此，新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》提出，以生態(tài)環(huán)境承載力為基礎，規(guī)劃城市發(fā)展規(guī)模、產業(yè)方向等。

　　根據新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》，全國生態(tài)保護極重要區(qū)面積為343.6萬平方公里，較重要區(qū)面積為204.6萬平方公里，分別占全國國土面積的35.8％與21.3％。生態(tài)保護極重要區(qū)和較重要區(qū)總面積為548.2萬平方公里，占國土面積的57.1％。這些區(qū)域提供了全國水源涵養(yǎng)總量的82.6％，保護生物多樣性的自然棲息地總面積的75.9％，土壤保持總量的88.3％，固沙總量的64.3％。

　　對重要生態(tài)功能區(qū)，新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》提出，要加大國家和地方財政投入和轉移支付力度，建立并完善生態(tài)補償機制。鼓勵以重要生態(tài)功能區(qū)為依托，實施區(qū)域之間的橫向生態(tài)補償；在重要生態(tài)功能區(qū)劃定生態(tài)保護紅線，對生態(tài)功能及其保護狀況定期組織評估和考核，開展生態(tài)資產與生態(tài)系統(tǒng)生產總值核算，并公布結果。

　　"對生態(tài)退化嚴重、人類活動干擾較大的重要生態(tài)功能區(qū)實施重大生態(tài)保護與恢復工程，堅持自然恢復為主的原則，提高生態(tài)系統(tǒng)質量，增強生態(tài)系統(tǒng)服務功能。"新版《全國生態(tài)功能區(qū)劃》，在這一區(qū)域要持續(xù)降低重要生態(tài)功能區(qū)的人口壓力，減少當?shù)鼐用駥ψ匀簧鷳B(tài)系統(tǒng)的經濟依賴。